果蔬經過冷卻后，即可送入冷藏庫冷藏。冷藏溫度與相對濕度均要保持穩定，最好在吸入管線上裝有恒壓閥，不得有較大的波動，否則將直接影響果蔬的呼吸作用，如溫度過高，相對濕度過大，將使果蔬的呼吸作用加快，引起它的變質腐爛。

    同時，也會使果蔬“出汗”，在其表面呈現水滴而有利于微生物的生長繁殖，不耐貯藏；溫度過低，相對濕度過小，又會引起凍傷果蔬，發生低溫病害，且使果蔬干縮 (如蘿卜出現空心)。所以，一般果蔬冷卻的冷藏溫度在1~-1℃之間，相對濕度對水果一般要求在90-95%，在蔬菜一般要求在85-90%。如果相對濕度過低，可在鼓風機前配備自動噴霧器，清潔的水隨冷風形成細微小的霧狀噴向果蔬冷藏庫的空氣中，以調節其空氣濕度，也可向冷藏間噴灑清水或在包裝容器上蓋上澆濕的草席。如果相對濕度過高，可在冷間墻角處放些吸濕性的物質。如塊石灰、無水氯化鈣、干燥的木炭等，以減少濕度。

　  果蔬冷藏庫的空氣流速不宜過大，一般采用自然循環。果蔬在冷藏庫期間，由于呼吸作用將放出二氧化碳，當空氣中積存過多的二氧化碳(12-15%)時，就能促進果蔬的缺氧呼吸，產生許多不完全分解的，如乙醇，乙酮和丙酮酸等中間產物，使果蔬細胞組織發生中毒現象(二氧化碳生理毒害)，加速果蔬的衰老和死亡，致使果蔬不能長期醛藏。因此，果蔬冷藏庫內裝有通風管道，以便冷藏期間進行通風換氣，排除庫內過量的二氧化碳，換進新鮮空氣。通風次數和時間不宜過多和過長，否則將加速果蔬的呼吸作用，從而縮短其冷藏時間。

    試驗證明，空氣中含有適當的二氧化碳量是必要的，這樣可延緩果蔬的呼吸和成熟，并抑制微生物的活動。借助冷風機通風換氣的時間在冬季以中午或傍晚為宜，在夏季以午夜或凌晨為宜，一般在入庫初期，每天定時通風換氣兩次即可。以后可根據庫房空氣清新程度和有無異味或酒精味，來掌握換氣次數和時間。如果有的季節氣溫高，不適宜換新鮮空氣，可在庫內裝置帶有溴化活性炭(溴有腐蝕性，不宜大量采用)。

　 不同的果蔬要求有不同的冷藏溫度，所以要盡量做到分庫冷藏，其平均容重為340公斤/m³，例如，南方產的柑桔和北方產的蘋果耐寒力不同，因此要求冷藏溫度不同，故不能在同一庫房內冷藏。柑桔的冷藏溫度為1-2℃左右，相對濕度在90%左右;而蘋果的冷藏溫度為+1~-1℃，相對濕度在90-95%左右;又如熱帶產的香蕉要求有更高的冷藏溫度，一般為12~16℃。有強烈氣味的蔬菜，如洋蔥、蒜苗等也應單獨冷藏，以免與其他果蔬沾染異味。
　
　　在國外，如英國對果蔬冷藏庫的貯藏條件分為三類:
　　(1)溫度1℃，相對濕度90-95%。適合于貯存萵苣、芹菜、菜花、洋白菜、蘿卜之類。
　　(2)溫度13℃，相對溫度90-95%。適合豆、黃瓜、西紅柿之類。
　　(3)溫度1℃，相對濕度60-65%,適合洋蔥之類。
　 總之，果蔬冷藏庫在冷藏期間要求有穩定的適宜的溫度和相對溫度，冷間溫度與蒸發溫度的溫差應控制在3-10℃之間，要求相對濕度低的商品，溫差可采用大一些。這樣可使它們的生理活動降低到最低限度。果蔬冷藏的溫、濕度推薦條件。

　對冷藏果蔬必須定期檢驗，一般每隔五至七天進行一次。主要用眼看、鼻聞、手摸等方法從每垛的不同部位抽驗，按照爛耗比例、質量和成熟度情況來及時確定處理措施。